Изучая отдельные очаги, регистрируя их по единой форме на картах эпидемиологического обследования и проводя практические мероприятия по ликвидации очагов, эпидемиолог накопляет материал, характеризующий обслуживаемый им район в эпидемиологическом отношении.
Число методов, предложенных для обнаружения возбудителей или вызываемых ими специфических процессов и объединяемых нами для простоты общим термином микробиологического исследования, в настоящее время довольно велико и постоянно увеличивается в связи с развитием техники лабораторного исследования. Центральным и основным среди них является метод бактериологический в узком смысле этого слова, т. е. выделение из материала чистой культуры возбудителя на искусственных питательных средах.
Специфический характер болезни или зараженности исследуемого индивидуума выявляется также с помощью различных реакций иммунитета.
Весьма большое практическое значение для диагностики заразных заболеваний имеет патологоанатомическое и патологогистологическое исследование материала, полученного или при вскрытии трупа, или путем биопсии, равно как и общая картина патологоанатомического вскрытия.
Источниками происхождения материала для микробиологического исследования являются:
1) больной,
2) окружающие его здоровые люди (животные),
3) окружающая среда.
Эпидемиологическое обследование предполагает наличие уже установленного диагноза заразной болезни. Тем не менее при таком обследовании нередко приходится подвергнуть микробиологическому исследованию и самого больного.